免疫治療

免疫檢查點（Immune checkpoint）是免疫系統(tǒng)的調(diào)節(jié)器。這些通路對自我耐受很重要，自我耐受可以防止免疫系統(tǒng)不加選擇地攻擊細胞。腫瘤細胞或腫瘤組織往往會利用一些手段激活免疫檢查點，使抗原不能被T細胞識別，從而抑制了T細胞的免疫學作用，逃避了機體的免疫監(jiān)視。

針對腫瘤免疫逃逸開發(fā)的抗腫瘤免疫療法中，免疫檢查點阻斷劑已被證實對多種癌癥治療相當有效，例如CTLA-4、 PD-1相關(guān)藥物等。但由于原發(fā)性或獲得性耐藥的原因，這類藥物對部分患者治療無效。的研究表明，一些表觀遺傳調(diào)節(jié)因子參與了抑制抗腫瘤免疫反應(yīng)，說明表觀遺傳療法或可增強抗腫瘤免疫反應(yīng)，并克服對現(xiàn)有免疫療法的抵抗。

2021年10月20日，來自耶魯大學癌癥中心的嚴欽團隊在Nature上發(fā)表文章。該文章發(fā)現(xiàn)KDM5B通過作用于逆轉(zhuǎn)錄元件，促進腫瘤免疫逃逸。結(jié)果揭示，阻斷KDM5B或阻斷KDM5B-SETDB1相互作用，可以有效提高抗腫瘤免疫反應(yīng)，克服免疫檢查點抑制劑治療抵抗。

KDM5家族蛋白是一類去組蛋白甲基化酶，是KDM5 4種亞型中的一種，它參與基因的表觀遺傳調(diào)控過程。KDM5酶對于耐藥性的出現(xiàn)起到了重要作用，敲除編碼KDM5酶（包括KDM5A與KDM5B）的基因或者是使用KDM5酶抑制劑，可以激活干擾素信號通路，增強免疫應(yīng)答。

研究團隊通過Gene Ontology (GO)分析技術(shù)發(fā)現(xiàn)KDM5B的表達與免疫系統(tǒng)過程中的基因呈負相關(guān)，然后使用免疫原性YUMMER1.7小鼠黑色素瘤模型對Kdm5b缺失造成的影響進行了一系列評估，并借助測序的方法發(fā)現(xiàn)KDM5B激活了I型干擾素反應(yīng)的途徑，以及對逆轉(zhuǎn)錄元件的作用情況。作者利用人黑色素瘤細樣本進行了驗證。

通過文章發(fā)現(xiàn)，作者文章有兩個關(guān)鍵性支撐點：

1. 在患者樣本中發(fā)現(xiàn)了KDM5B的作用；

2. KDM5B作用點在逆轉(zhuǎn)錄原件實現(xiàn)表觀遺傳調(diào)控。

在這兩個數(shù)據(jù)支撐點上，均采用了TissueGnostics公司的全景組織定量分析技術(shù)，不但在原位數(shù)據(jù)中精準獲得了單細胞水平的蛋白表達強度定量數(shù)據(jù)，還通過抗雙鏈RNA抗體對RNA表達水平進行了定量分析。發(fā)表了觀點：KDM5B通過作用于逆轉(zhuǎn)錄元件，促進腫瘤免疫逃逸。

實驗部分

為了避免測序及生物信息學分析數(shù)據(jù)帶來的不確定性，作者團隊使用了免疫組化和免疫熒光技術(shù)，在組織學原位進行了驗證，在關(guān)鍵的環(huán)節(jié)中，還利用奧地利TissueGnostics公司全景組織流式定量分析技術(shù)，進行圖像采集和定量分析。為了體現(xiàn)數(shù)據(jù)的客觀與精準性，作者用了大篇幅對這個技術(shù)方法進行了詳細描述：

利用5X物鏡進行全景預(yù)覽，然后20X物鏡對識別的組織區(qū)域進行全景掃描成像。再將獲取的組織全景圖像導入分析軟件中，原位單細胞識別及定量分析技術(shù)識別陽性細胞及平均強度。其結(jié)果通過散點圖與直方圖呈現(xiàn)。利用正反向回溯功能實時調(diào)節(jié)cut-off線。

正反向回溯功能：組織、細胞數(shù)據(jù)分析中運用正反向回溯功能，支持從圖像到數(shù)據(jù)的正向分析，也支持從數(shù)據(jù)結(jié)果到圖像的反向回溯驗證，將影像與分析結(jié)果緊密結(jié)合，實現(xiàn)數(shù)字化圖像、散點圖及數(shù)據(jù)間的三方面實時聯(lián)動。對數(shù)據(jù)有效性進行獨立重復(fù)的驗證，精準衡量組織細胞信號拆分辨識結(jié)果，保障樣本識別的精度、陽性率劃分的閾值或是追溯陽性信號在組織中的原位信息的可靠性，更進一步幫助研究者定位分化干細胞等稀有細胞亞群。

01

作者采用免疫熒光染色的組織樣本，結(jié)合抗PD-1治療之前的黑色素瘤樣本進行轉(zhuǎn)錄組分析，發(fā)現(xiàn)對免疫檢查點（immune checkpoint blockade，ICB）有反應(yīng)的患者KDM5B染色較弱，缺乏可檢測到的KDM5B高黑色素瘤細胞，而對ICB有反應(yīng)的患者有KDM5B高黑色素瘤細胞的主要亞群。這些結(jié)果表明KDM5B與腫瘤炎癥水平呈負相關(guān)，可能是腫瘤免疫抑制劑響應(yīng)低的生物標志物，靶向KDM5B可能誘導T細胞浸潤并克服對ICB的耐藥性。

Figure 1治療前黑色素瘤免疫熒光樣本melanoma cocktail（綠色）、KDM5B（紅色）和DAPI（藍色）

A-C：抗PD-1治療的3名PD-1無應(yīng)答患者的免疫熒光圖像；D-F：3名完全應(yīng)答患者的免疫熒光圖像。G：腫瘤微環(huán)境中KDM5B和黑色素瘤標記物的平均強度散點圖。KDM5B和黑色素瘤標記陽性的細胞位于右上象限。

02

作者研究了KDM5B抑制逆轉(zhuǎn)錄元件表達情況，針對RNA水平的驗證，使用了抗雙鏈RNA單抗-J2抗體，在KDM5B表達水平低的應(yīng)答者中檢測到比那些KDM5B水平高的無應(yīng)答者更高水平的雙鏈RNA。

Figure 2KDM5B缺失誘導內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄酶元件表達并形成dsRNA

用J2抗體（紅色）和DAPI（藍色）對免疫檢查點抑制劑完全應(yīng)答或無應(yīng)答患者的代表性患者的dsRNA進行免疫熒光染色（左側(cè)）和定量（右側(cè)）。